El galeón San Francisco fue construido hacia 1585.
Desplazaba 915 toneladas y tenía 35 mts de eslora y 10 de manga. Estaba armado con 22 cañones (18 de bronce y 6 de hierro) y su tripulación era de 67 hombres de mar y 127 soldados. Fue requisado para la Armada Invencible en 1588 y estaba al mando de Martín de Lizardi.
Participo en los cuatro días de lucha en el canal durante los cuales efectuó 242 disparos contra los buques ingleses. Cuando la nave capitana de Pedro de Valdés fue capturada con él a bordo, el San Francisco pasó a ser la nave capitana de la Escuadra Andaluza, ahora al mando de Diego Enríquez.
Tras hacer el viaje de regreso vía Escocia y el Atlántico entro en el puerto de Santander el 20 de septiembre de 1588. Hay referencias de un galeón San Francisco que fue hundido en la Bahía de Cádiz el 2 de Julio de 1596 durante el ataque de la flota inglesa del Duque de Essex
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